年末調整で計算後、差引金額が発生した際（超過）、超過額の清算欄に年度内に還付できる金額(30)と翌年分(31)が表示されます。この年度内還付額が通常の源泉徴収額を超えて算出される理由を教えてください。

(31)の計算の都合上、(26)超過・不足額が変わった場合、（30）（31）が中途半端な金額で按分されてしまう場合があります。
もし望まない金額になっている場合は、右上にある年税額計算の編集ボタンから「(30)本年中に還付する金額」に入力し、本年中・翌年の還付額を調節します。

最初の集計時点では、超過額全額が「(30)本年中に還付する金額」に入力された状態で計算されています。

源泉徴収額を超えて算出される理由としては、給与計算としては問題ないためです。
調整月の元々の所得税が2000円・還付額が3000円の場合、
年末調整確定後の所得税は2000-3000 = -1000になり、総支給額は+1000円されます。
（-1000円支払った＝1000円もらった）となります。