1名のみは、賞与で年末調整、その他の方は給与で年末調整のように分けて計算することはできますか。

分けて計算することはできます。
年末調整の確定時に「賞与年調」か「単独年調」を選んでください。
 
還付の場合は、極端な話ではございますが、「還付額が多すぎて会社の残高的に当年中の還付ができない場合」などが該当します。
 
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