通帳入力で、期首商品棚卸高と期末商品棚卸高を入力したいのですが、どのようにすればよいですか。

通帳入力では勘定科目は現金・預金科目が固定されていますので複合仕訳入力にて入力を行ってください。
 
下記のURLもあわせてご参照ください。
  https://www.yenbo.jp/manual-kaikei/multientry
 
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