最初の設定で「免税」にした場合、その後の仕訳帳などの入力は消費税を抜いて入力か、 税込で入力かどちらで入力したらよいでしょうか？

免税事業者の経理方式は税込処理となりますので、消費税を含めた金額で仕訳を計上（入力）してください。
 
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