年末調整の本年中に還付する金額は12月の給与に反映されていますが、 翌年の分はいつの給与に反映されるのでしょうか？
精算（給与への反映）のタイミングについては様々な方法がございますので一概にお答えをお伝えすることができません。
国税庁のホームページの【年末調整の過不足額の精算】をご参照ください。
上記の理由があり、【円簿給与】では本年分（12月分）での精算調整しかできない仕様となっております。
そのため翌年で精算が必要となる場合は、手作業で1月以降の支払いにおいて反映（精算）させる必要がございます。
方法としてはいくつかございますが1例として。
① 年末調整「入力」タブ ⇒［調整額等］で、
［翌年において還付する金額］ や［翌年に繰り越して徴収する金額］の金額を確認します。
② 翌年の給与明細入力、または賞与明細入力にて控除項目を[＋追加]ボタンで追加します。
③ 項目の名前には適当に名前をつけます。（例：過不足税額）
④ 金額に、超過の場合マイナスで金額を入力、不足の場合はそのままの金額を入力します。
例）
** 超過（翌年において還付する金額）が［2,000円］であれば［-2,000］と入力します。
** 不足（翌年に繰り越して徴収する金額）が［5,000円］であれば［5,000」と入力します。
以上で、給与へ反映されます。