青色申告決算書で減価償却費の計算をしても、仕訳は自動でされませんよね？

仕訳は自動で作成されません。
別途、減価償却費を算出の上、仕訳の入力(複合仕訳入力・元帳入力等)で借方に減価償却費、貸方に償却資産科目（または減価償却累計額）入力します。
 
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