特別身障者区分の方がいますが、選択すると扶養親族が一人となってしまいます。

実際の扶養関係者の人数ではなく、源泉徴収計算上の扶養親族の数が表示されています。
従業員本人が（特別）障害者の場合、源泉徴収計算上の扶養親族の数が1人分としてカウントされます。
詳しくは下記の内容をご確認ください。
 
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/zeigakuhyo2019/data/19-22.pdf
 
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