青色申告決算書の１ページ「青色申告特別控除額（44）」と、2ページ「青色申告特別控除額（9）」を65万にしても、データを保存してまた開くと55万に戻ってしまいます。

55万円のラジオボタンが選択されていますので、65万円のラジオボタンをクリックし、（8）に65万円を入力します。
 
入力後［確認]ボタンをクリックします。
確認画面に変わりますので［登録または変更]ボタンをクリックします。
新規作成の場合は［登録］編集の場合は［変更］ボタンが表示されます。
 
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