仕訳パターンにちゃんと登録できているのですが、仕訳入力をするとパターンが使えません。

ご確認ですが、「仕訳パターン」登録時に、[決算□]欄に ✔ は入っておりますか。
・入っている場合は「各種入力」では使用できません。
・入っていない場合はお手数ですが
 「仕訳パターン」画面より[PDF出力]してお送りお願いいたします。
 
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