仕入れの消費税が食品とその他で違うのですが、どこかに設定する項目はありますでしょうか？

食品ごとに補助科目を設定することで補助元帳等にて確認できます。
以下の手順で補助科目を設定してください。

①「各種設定」より「勘定科目」ボタンをクリックします。

② 補助科目を登録する［勘定科目］（仕入高）をクリックします。クリックした行が反転(薄緑)します。

③［新規補助科目追加］ボタンをクリックします。

④ 補助科目登録画面が表示されるので、各項目の入力・選択をして［確認］ボタンをクリックします。

⑤「確認」画面が表示されますので、［登録］ボタンをクリックします。
「勘定科目」画面に設定された補助科目が表示されます。

補助科目の設定につきましては下記のURLをご参照ください。
　https://www.yenbo.jp/manual-aoiro/accountconfig/4